Ukoliko je izdata e-faktura preko portala: efaktura.mfin.gov.rs ta faktura je merodavna za knjiženje u poslovnim knjigama.
Naime, dešava se da dobavljači pošalju i novu e-fakturu ali uz nju kao prilog i staru (običnu) fakturu koja često može biti i sa drugim datumom izdavanja u odnosu na e-fakturu. Po novom, od 1.07.2022. godine svaki privredni subjekt (pogotovo PDV obveznik) koji primi e-fakturu jedino nju knjiži kao ulazni dokument i po njoj odbija ili ne odbija PDV u skladu sa ostalim zakonskim propisima. Staru fakturu (nevažeću) treba da zanemari.
Ne postoji ograničenje da se stara faktura priloži uz e-fakturu ali realno ona nema neku funkciju osim što je dobavljač možda navikao na takav format pa da mu olakša „tranziciju“ na novi sistem e-faktura.
Što se tiče odbitka prethodnog poreza, pravo na odbitak prethodnog poreza postoji u periodu kada je izdata e-faktura (pod uslovom da su ispunjeni ostali opšti uslovi iz člana 28. Zakona o PDV).